Il Conto di Sistema è un conto collettivo che viene utilizzato per degli Avvisi cui possono concorrere tutte le aziende, individualmente o in consorzio. Questi Avvisi sono studiati sulle esigenze delle aziende e sono di carattere generalista o tematico. Vengono pubblicati a cadenze periodiche, per consentire alle aziende la possibilità di programmare la progettazione delle attività formative. I piani hanno un capofila, che funge anche da riferimento per la progettazione, le attività di orientamento e tutti i servizi a corollario della formazione che le piccole imprese generalmente non hanno nel loro organigramma.

Il Conto Formazione è la vera novità che distingue Fondimpresa nel panorama dei Fondi interprofessionali. Si tratta di un conto individuale di ciascuna azienda aderente. Le risorse finanziarie che vengono accantonate nel “conto formazione” sono a completa disposizione dell’azienda titolare. Solo l'azienda può utilizzarle per fare formazione ai propri dipendenti nei tempi e con le modalità che ritiene più opportuni, sulla base di Piani condivisi dalle rappresentanze delle parti sociali.
Ben il 70% delle risorse che ogni azienda versa con lo 0,30%, girate dall'Inps a Fondimpresa, confluiscono in questo conto, che ogni impresa può utilizzare in linea con il proprio contesto e necessità, in accordo con i sindacati.
Dal 1° gennaio 2015 le imprese possono scegliere di destinare al proprio Conto Formazione l'80% dei contributi versati. Questa opzione, revocabile in ogni momento, va eseguita collegandosi all'area riservata agli associati, sul sito Fondimpresa. Per le aziende che non la attivano tutto rimane invariato.